探索国家水稻基因组数据库：教程详解下载水稻全基因组序列方法

如何获取水稻基因组完整序列

类别：教育/科学>>科学技术>>生物学

问题说明：

在许多地方都难以寻觅到相关资料！

解答：

bioserver.myongji.ac.kr/

这是韩国水稻基因组数据库的网址。该数据库由韩国明治大学生物科学系负责维护，并由韩国国家农业科技研究所提供支持。该网站提供了包括水稻基因组测序、水稻表达序列标签数据库、水稻图谱，水稻基因数据库、教学资料，形态学图谱，转基因大米以及一些相关链接在内的详尽信息。

rgp.dna.affrc.go.jp/giot/INE

水稻基因组研究计划自1998年起启动，致力于水稻大规模基因组测序，目标在于解码水稻的全部遗传密码。INE基因组数据库（综合水稻基因组浏览器）汇聚了迄今为止累积的水稻基因组信息，并与基因组序列对应。数据库包括水稻的遗传图谱，由酵母人工染色体（YAC）克隆构建的物理图谱和P1来源的人工染色体（PAC）构建的重叠群。这些图谱均以图像界面形式呈现，使得水稻每条染色体上的遗传标记易于识别。

请自行查阅，由于我不是植物学领域的专家，所以了解的并不多。

水稻常用的长链非编码RNA数据库

本文详细阐述了四个与水稻长链非编码RNA（lncRNA）相关的数据库，旨在为研究者提供全面且便捷的资源，以推动水稻研究的发展。这四个数据库分别是RNA Central、RiceLncPedia、CANATAdb 2.0和RFGB v2.0，每个数据库针对不同需求提供特定功能和数据支持。

首先，RNA Central是一个综合性的RNA序列和功能数据库，旨在为RNA研究人员提供一个统一的数据资源平台。它包含多种类型的RNA序列数据，并提供比对、结构预测等工具，以及序列数据库下载和接口，便于用户对RNA数据进行深入研究与分析。

其次，RiceLncPedia是一个专门收集整理水稻（Oryza sativa）长链非编码RNA（lncRNA）的数据库。它提供了从多个公共数据库和文献报道中收集的水稻lncRNA序列和注释信息，包括多个功能查询和可视化工具，便于用户快速查找和分析水稻lncRNA的相关信息。

接着，CANATAdb 2.0是一个通过计算在36种植物和3种藻类中识别的lncRNA数据库。它收集了36个物种中预测的239,631个长链非编码RNA（lncRNA），并提供序列、表达值、基因组位置、假想多肽序列等信息，用户可通过Blast功能找到与数据库中相似的lncRNA。

最后，RFGB v2.0展示了国际联合努力的水稻数据，涉及3000份来自89个国家的水稻种质。此数据库提供了一个全球公共的水稻遗传/基因组数据库和信息平台，为大规模挖掘水稻重要性状的新等位基因提供了基础，并有望推动水稻育种技术创新。

这四个数据库各自为研究者提供了独特的资源和工具，涵盖了从序列分析、功能注释到大规模基因组数据挖掘的广泛需求，为水稻相关研究提供了强有力的支撑。